Επί του αυτοκράτορα Αλεξίου Α’ Κομνηνού (1081-1118) και Πατριάρχου Νικολάου Γ’ Κυρδινιάτη ή Γραμματικού), (1084 – 1111), ολοκληρώνεται η κατασκευή του μοναστικού συγκροτήματος, ενώ ιδρύεται δεύτερος και μεγαλοπρεπέστερος ναός το 1148. Ο Αλέξιος Κομνηνός περιεβλήθη το Μοναχικό Σχήμα με το όνομα «Ακάκιος» και ετάφη μέσα στον Ναό της Παναγίας. Στον ίδιο Ναό ετάφη και ο Εμμανουήλ Πορφυρογέννητος, που είχε διαδεχθεί τον Ιωάννη Ανδρόνικο και αυτός τον Αλέξιο Κομνηνό στο θρόνο.

Στη Μονή βρέθηκε επιγραφή σε πέτρινη λάρνακα που αναφέρει τα ονόματα «Σεβαστοκράτωρ Άννα και Κωνσταντίνος» (Κομνηνοί). Την περίοδο εκείνη η Μονή κατέχει αρκετά μετόχια στην γύρω περιοχή, με μερικά από αυτά να προέρχονται από αφιερώσεις των Κομνηνών, γεγονός που μαρτυρεί την ακτινοβολία της. Στις αρχές του 13ου αιώνα, όπως αναφέρεται στο κτητορικό της Μονής για το έτος 1212, ζούσαν στη Βαρνάκοβα 96 ιερομόναχοι και διάκονοι, ενώ η περιουσία του Μοναστηριού ήταν μεγάλη, ανάλογη του κύρους του. Μετά την Άλωση της Κωνσταντινούπολης από τους Σταυροφόρους, το 1204, το Μοναστήρι τέθηκε υπό το Δεσποτάτο της Ηπείρου (1204-1359) και παρέμεινε εντεταγμένο σε αυτό για όσο το Δεσποτάτο υπήρχε (δηλαδή ως το 1359, οπότε και ενσωματώθηκε ξανά στη Βυζαντινή Αυτοκρατορία).

Το αγάπησαν και το προστάτεψαν οι Κομνηνοί, οι Παλαιολόγοι αλλά και ο Καποδίστριας, οι Κομνηνοί, βοήθησαν οικονομικά τη Μονὴ και τής δώρισαν πολλά κτήματα στην κοιλάδα τού Μόρνου, πού έφθαναν μέχρι τη θάλασσα αλλά και νησιά του Κορινθιακού.

Ο αρχικός ναός ξεκίνησε να δημιουργείται το 1077. Το 1148 δημιουργείται ένας δεύτερος, μεγαλύτερος ναός, είτε με εκ βάθρων ανέγερση είτε επεκτείνοντας τον πρώτο ναό. Ο νέος αυτός ναός ήταν αρχιτεκτονικού τύπου βασιλικής με τρούλο, με τρία ζεύγη κιόνων σε δύο σειρές, που χώριζαν το εσωτερικό του σε τρία κλίτη. Στην τελική του μορφή, το καθολικό της μονής αποτελούταν από έναν εξωτερικό νάρθηκα (εξωνάρθηκας), έναν εσωτερικό νάρθηκα (εσωνάρθηκας) και τον κυρίως ναό, που ήταν και το παλαιότερο μέρος του αρχιτεκτονικού συνόλου. Ο εσωνάρθηκας ανεγέρθη εκ βάθρων το 1151 ενώ ο εξωνάρθηκας το 1229, όπως δηλώνεται σε χρονικό σημείωμα του 1690, ένα από τα πολλά έγγραφα που διασώθηκαν στον θησαυρό της μονής. Το δάπεδο του ναού ήταν διακοσμημένο με μαρμαροθετήματα. Ο ναός αυτός πυρπολήθηκε το 1700 (ίσως, μάλιστα, να είχε προηγηθεί μια παρόμοια πυρκαγιά και το δεύτερο μισό του 15ου αιώνα), ανακαινίσθηκε το 1805 και τελικά ανατινάχθηκε στις 26 Μαΐου 1826, κατά την τελική φάση της πολιορκίας της μονής.

Ο σημερινός ναός κατασκευάστηκε το 1831. Όπως και ο παλαιός, είναι τρίκλιτος βασιλική με τρούλο. Είναι αμφικλινής, κεραμοσκεπής, κτισμένος δια λαξευτών λίθων.

Οι Κομνηνοί αγάπησαν τόσο την Παναγία την Βαρνάκοβα, ώστε επέλεξαν το καθολικό τής Μονής ως τόπο ενταφιασμού τους και αυτό, διότι έγιναν από αυτούς δύο μοναχοί: ο Αλέξιος, με το όνομα Ακάκιος και ο κάποτε ηγούμενος και ο πατέρας του Εμμανουήλ, με το όνομα Ματθαίος.

Ο αρχαιολόγος Ορλάνδος απεκάλυψε τούς τάφους τους κάτω από το δάπεδο του εσωνάρθηκα, το 1919 και υπάρχουν στη Μονὴ οι επιτύμβιες πλάκες τους σήμερα. Η Βαρνάκοβα υπήρξε το προπύργιο της Ορθοδοξίας και του Ελληνισμού στα χρόνια της επιρροής των Λατίνων στη Δυτική Ελλάδα και κυρίως, κατά τη Φραγκοκρατία της ευρύτερης περιοχής και ο «κυματοθραύστης» των σχεδίων καθολικοποίησης του Ελληνισμού, που θρησκευτικά ανήκε τότε στον Πάπα της Ρώμης ενώ στην Μονή λειτούργησε και κρυφό σχολειό από το 1520 έως το τέλος περίπου του 19ου αιώνα.

Εξωτερικά, στα δεξιά της εισόδου του, υπάρχει δίλοβο κωδωνοστάσιο, σε σχέδιο του Ανδρέα Γάσπαρη Κάλανδρου, υπεύθυνου της ανακατασκευής, επηρεασμένο από την επτανησιώτικη αρχιτεκτονική. Ο νάρθηκας και ο κυρίως ναός διαιρούνται σε τρία κλίτη από δύο σειρές κιόνων, μεταξύ των οποίων ξεχωρίζουν οι κίονες του παλαιού εξωνάρθηκα, οι μοναδικοί σωζόμενοι κίονες του παλαιού ναού. Ο κύριος ναός περιέχει 4 ζεύγη κιόνων.

Το μοναστήρι σήμερα είναι γυναικείο και υπάρχει αδελφότητα από 17 μοναχές με Ηγουμένη την Γερόντισσα Θεοδοσία και η πρόσβαση σε αυτό γίνεται με οδικό δίκτυο σε αρκετά καλή κατάσταση και εορτάζει 15 Αυγούστου.

Πηγή: (Θρησκευτικές Περιηγήσεις)